Судя по красным линиям есть у меня подозрение, что некоторый перебор по плотности кадров :)

Разумеется всё зависит от конкретной сцены, но в идеале, стыки должны быть ровными и равномерными. Что-то вроде

Эти линии разумеется будут искажаться в зависимости от поворотов/масок, но главное — начальная идея. Чем больше стыков на одном объекте, тем больше шансов, что он будет кривым. Т.е., если хочется убедиться, что тот же крест будет в порядке, стоит снять его отдельно полнокадрово, и дать этому кадру чуть больший приоритет.
Можно попробовать нарисовать красную маску поверх «лишних» частей кадров и зелёную на «нужных», добиваясь, чтобы на центральные объекты приходилось как можно меньше стыков.

Кресты, вертикали и горизонтали — с этим проще. Нужно поставить вертикальные и горизонтальные контрольные точки. Скажем, открываем кадр номер N в обеих окнах редактора контрольных точек, выбираем тип точки «vertical line» и кликаем — на левом экране на вершину креста, на правом — на основание. То же самое с фонарями, водосточными трубами.
Аналогично поступаем с горизонталями, если они очевидны (здесь — нет, хотя можно попытаться).

Оптимизация. При съёмки с рук, включить Advanced и поставить галочки viewpoint/yaw/pitch/roll для всех кадров и включить a/b/c.

Контрольные точки. Очевидно, что правый верхний кадр не очень хорошо совмещён, видно по веткам. Проверить контрольные точки с соседями на 200% зума, при необходимости создать на небе вверху ещё пару контрольных точек, «склеивающих» границу этого кадра с тем, что слева. Ткнуть более-менее наугад и посмотреть, что получится. Вообще я вижу много несовмещений — стоит пройтись вручную по всем точкам с большой дистанцией и не слишком доверять автоматическому поиску точек, он иногда лажает на паттернах.

Вообще, если идёт несовмещение, очень высока вероятность, что где-то сидит парочка подлых сбойных контрольных точек, причём значение «distance» у них может быть просто зашибись. Выход один — в ручном режиме отсмотреть все на вшивость.