Похоже я наконец нашёл решение для занудной задачи: как подружить Gigapan Epic Pro и PTGui.

Программа аккуратно расставляет картинки по местам в соответствие с настройками Gigapan, задаёт кое-какие control points, после чего склейка многомегапиксельной панорамы становится детской задачей. Даже если часть картинок — небо, которое в обычных условиях PTGui считается за пустоту, недостойную контрольных точек. HDR поддерживаются.

Панораму из 120 кадров с помощью скрипта я собрал сегодня за 15 минут. Включая ручную расстановку точек для надира и небольшой тюнинг вертикалей и горизонталей. Ноль ошибок совмещения. Неделей раньше на эту же панараму  у меня ушёл полный день, пришлось вручную исправлять около полусотни ошибок, а в итоговом файле парочка всё равно вылезла и их придётся штамповать в фотошопе.