Panorama Tools умеет RAW. Там стоит свеженький dcraw, который читает те же CR2 без проблем. По моему опыту, не сильно медленнее, чем 16-битные TIFF, и качество склейки потом то же самое. 

Аналогично овладела RAW и Photomatix.

Но не устану подчёркивать красным карандашом мысль — лучшие всё таки сначала в Лайтруме сделать TIFF, а потом их уже загнать в PT. Этот вопрос поднимался и в форумах одного малоизвестного поисковика с орфографически неверным названием.

Вкратце тезисы такие:

• Dcraw — не король RAW и частенько сосёт лапу. ACR лучше, особенно шестой.
• XMP берёт только ACR. По крайней мере, dcraw их не понимает. Что означает потерю всех ваших коррекций экспозиции и баланса белого при загрузке файла в PTGui.
• Даже если и всё будет хорошо, несолидно позволять какой-то программе на автомате преобразовывать за вас RAW. Этот процесс довольно навороченный, и лучше бы вам не выпускать его из своих цепких рук.

RAW для съёмки, TIFF для обработки. Так устроен мир.